El pueblo de San Lucas aparece fundado en 1540, al terminarse el pleito por la posesión de tierras en la región, entre Zinacantecos y Chiapanecas. En 1744, ya se nombra en la relación del obispo Fray Manuel de Vargas y Rivera. Este mismo año hubo un incendio (el 19 de abril) ocasionando grandes pérdidas materiales; en 1778, correspondía a la parroquia de Totolapa; en 1934, por decreto del 13 de febrero del Gobernador Victórico R. Grajales, se le cambió el nombre por el de El Zapotal; por decreto del 25 de enero de 1935, del mismo Gobernador, desciende de categoría desapareciendo como municipio y quedando como agencia municipal de Chiapilla, segregándose del distrito de Las Casas, pasando al de Chiapa. El 8 de mayo de 1935, es nuevamente elevado a municipio libre por el Gobernador Victórico R. Grajales. En 1972, por decreto del 23 de agosto, del Gobernador Manuel Velasco Suárez, se le restituye su primitivo nombre de San Lucas.